Za rok został wybrany papieżem, Janem-Pawłem II. Jego dzieło podjął nowy Ordynariusz Diecezji - Ks. Kardynał Franciszek Macharski, który w przedmowie do książki P. Jadwigi Gierula pt. "Arka Pana", tak pisze w roku 2002: "W roku obecnym mija 50 lat od utworzenia parafii Matki Bożej Królowej Polski w Nowej Hucie. To parafia szczególna - jej dzieje, a zwłaszcza ćwierć wieku [1952 - 1977] zmagania o budowę są jakąś syntezą historii ludzi wierzących i Kościoła w Polsce po II wojnie światowej". W roku 1979 w czasie pierwszej pielgrzymki do Polski, Jan-Paweł II mówił w Mogile: "Nie można oddzielić krzyża od ludzkiej pracy... Chrześcijaństwo i Kościół nie boi się świata pracy... Tu w Nowej Hucie obok krzyża mogilskiego stanął nowy krzyż drugiego tysiąclecia... Tu się zaczęła nowa ewangelizacja...". Wspominał też, Jan-Paweł II, Bieńczycką parafię podczas konsekracji kościoła św. Maksymiliana Kolbe w Nowej Hucie - Mistrzejowicach w roku 1983 i przy każdym spotkaniu w Watykanie. Parafia Królowej Polski przystąpiła do realizacji podziału na mniejsze parafie. Powołano tzw. proboszczów rejonów: rejon I - Królowej Polski, proboszczem tego rejonu, który miał kościół i który służył pozostałym "parafiom rejonowym", został ks. Franciszek Skupień.

Proboszczami parafii - rejonu II, Najświętszego Serca Pana Jezusa byli kolejno: Ks. Janusz Bielański i ks. Jan Gwizdoń, ale nie zbudowali kościoła dla swojej parafii. Proboszczem dla rejonu III był ks. Jan Zając, a po nim ks. Jan Bielański, który zbudował kościół św. Brata Alberta i został pierwszym proboszczem tej parafii. Proboszczem dla rejonu IV był najpierw ks. Leon Baran, następnie ks. Stanisław Podziorny, który zbudował kościół św. Józefa i został pierwszym proboszczem tej parafii. Przez kilka lat jeszcze Ks. Józef Gorzelany był "prawnym" proboszczem całej parafii, ale duszpasterstwo prowadzili proboszczowie rejonów. W roku 1986 Ks. Gorzelany przestaje być proboszczem, jego funkcje do roku 1988 pełni Ks. Franciszek Skupień. W roku 1988 proboszczem parafii Królowej Polski jest ks. Karol Jarosz, a proboszczem parafii Najświętszego Serca Pana Jezusa jest nadal jeszcze Ks. Jan Gwizdoń. Nadal mają do dyspozycji jeden kościół. W roku 1986 odchodzi ks. Gwizdoń, a proboszczem obydwu parafii zostaje ks. Jarosz. W roku 1995 w miejsce ks. Jarosza proboszczem zostaje ks. Edward Baniak. Skala problemów w tej podwójnej parafii: pracowało tu 17 kapłanów, było osiem szkół podstawowych, osiem średnich i trzynaście przedszkoli. Pierwsza komunia odbywała się przez cztery niedziele, po dwie szkoły w jeden dzień, do bierzmowania w jednym roczniku było ponad 500 młodzieży. Spowiedź przed świętami trwała cały miesiąc. Parafie te liczyły razem 42 000 ludzi. Proszę sobie wyobrazić skalę problemów gdy parafia liczyła 92 000 wiernych. Po kilku latach udaje się ks. Baniakowi zbudować mały kościół Najświętszego Serca Pana Jezusa przy Krzyżu Nowohuckim, na os. Teatralnym i w roku 2001 powstaje tu nowa parafia. Jej proboszczem zostaje ks. Stanisław Puzyniak. Dla tego II Rejonu powstaje też w roku 1999 drugi kościół budowany przez Księży Pallotynów, pod wezwaniem Matki Bożej Pocieszenia. Budową i parafią kieruje jej pierwszy proboszcz, ks. Józef Gwozdowski SAC. W ten sposób wypełniony został testament Jana-Pawła II.